El Valencia llegó a estar en una situación límite. Sin el apoyo y ayudas de Cajas de Ahorros locales y de la Administración Pública, igual el conjunto ché se encontraría en una situación muy diferente que la que muestra esa actual tercera posición liguera y ese sueño de que con Peter Lim al frente, se pueda sacar la cabeza del pozo económico.
Y en 2002, decidió entrar con fuerza en uno de sus sueños de juventud, el Valencia CF, primero comprando diversos paquetes accionariales, hasta alcanzar la mayoría en unas operaciones que llegaron a suponer desembolsos de más de 40 millones de euros. Pero Bautista Soler, dejó el fútbol en manos de su hijo, Juan Bautista. Parecía que la adinerada familia iba a poder serenar una convulsa situación institucional que se producía desde la conversión del equipo en SAD y por la que se había visto desfilar por el palco a gente como Paco Roig o Pedro Cortés o Jaime Ortí, con las consiguientes luchas de poder...
Juan Bautista Soler, pese a ser el propietario, guardaba un discreto segundo plano y dejaba hacer a Ortí y a su equipo. Y llegaron los éxitos. El equipo que dirigía Rafa Benítez logró conquistar la Liga en 2004, y además levantó la Copa de la UEFA. Encima, ese año, también venció la Supercopa de Europa al Oporto. A Soler, comenzó a picarle el gusanillo, al ver como pese a ser el que ponía el dinero, los agasajos y el lucimiento en los palcos españoles y europeos recaía en otras personas. Y decidió dar un paso adelante, que le convertiría en un terremoto para el club ché.

En octubre, consiguió la dimisión de Ortí y asumió la presidencia en la que estuvo cuatro años. El equipo no repitió los exitosos resultados y encima la cuenta de gastos comenzó a dispararse con fichajes caros, altamente remunerados (Manuel Fernandes, Del Horno, Tavano, Kluivert, Joaquín, etc...) y que salvo casos contados (habría que destacar a Villa o Mata) no daban el rendimiento esperado.
Su gestión también comenzó a enterrar entrenadores, Ranieri, Antonio López, Quique Sánchez Flores, directores deportivos Javier Subirats, Amadeo Carboni,
Xavier Azkargorta el director general Manuel Llorente o la quincena de gestor Juan Villalonga. Nadie parecía contentar a Juan Bautista Soler...
Y se notó en los resultados.
El equipo que defendía título fue 7ª en 2005 y se quedó fuera de Europa. Fue 3º y 4ª los dos años siguientes, alcanzando también los cuartos de final de la Champions cayendo frente al Chelsea. Y el último año, Soler decide prescindir de Quique como técnico y trae a Ronald Koeman, que, decide hacer limpia en el vestuario. Anuncia que no va a contar con Albelda, Cañizares y Angulo y comienza una alargada polémica, en la que
el centrocampista llega a denunciar al club. E
l equipo se hunde irremediablemente en la Liga y sufre por mantenerse. En la Copa, por contra, mantiene el tipo y va avanzando ronda. Aún así, Soler, muy desgastado decide echarse a un lado y presentar la dimisión. Curiosamente, el equipo de Koeman vence al Barcelona en semifinales y s
e proclama campeón frente al Getafe. Es, de momento, el último título de los valencianos. De nuevo, Soler, se queda sin salir en los focos y sin poder celebrar los éxitos como parte protagonista.

Antes de eso, sí que será recordado. En 2006 anuncia la construcción de un nuevo estadio. Un campo de categoría 5 estrellas, con una capacidad de 75.000 espectadores que jubile el viejo Mestalla, cuyos terrenos serán revendidos para financiar el nuevo. El proyecto, presentado a bombo y platillo y que cuenta con el beneplácito de Ayuntamiento y Generalitat se queda a medio construir por falta de financiación al no aparecer ningún comprador de las parcelas de Mestalla. Servirá como inmejorable símbolo de los derroches y desmanes urbanísticos de la Comunidad. De momento, supera el lustro de parón que parece que va a reiniciarse en breve...
Finalmente Bautista Soler, con una imagen muy deteriorada y afectado por la crisis económica con especial incidencia en el sector inmobiliario acaba aceptando deshacerse de sus acciones que son vendidas por 85 millones de euros a Vicente Soriano, que pretende a su vez, revenderlas a una empresa de inversiones uruguaya. El caso es que, como el nuevo Mestalla, las operaciones no fructificaron y Soriano no ingresó la acordado a Juan Bautista Soler... que ahora tiene pendiente un juicio por contratar a un sicario con la función de secuestrarlo... Y mientras tanto, los concursos de acreedores en sus empresas y en las de su padre se acumulan. La aventura futbolística terminó en sonoro fracaso, y su imagen pública, dilapidada.